Το σχολείο μας ιδρύθηκε το 1972 ως Πρότυπο Ειδικό Δημοτικό Σχολείο. Λειτούργησε στο χώρο και το πλαίσιο της Παιδαγωγικής Ακαδημίας Ηρακλείου και ήταν το πρώτο Ειδικό Σχολείο της Κρήτης.

Ιδρύθηκε με στόχο να εξυπηρετήσει τις ειδικές εκπαιδευτικές ανάγκες των μαθητών της ευρύτερης περιοχής του Ηρακλείου και να συμβάλλει στην επιμόρφωση των σπουδαστών της Παιδαγωγικής Ακαδημίας στον τομέα της Ειδικής Αγωγής.

Τον πρώτο χρόνο ίδρυσής του το σχολείο λειτούργησε ως 1/θέσιο, το 1973 προάγεται σε 2/θέσιο, το 1974 σε 3/θέσιο και το 1975 σε 4/θέσιο. Το 1996, με Υπουργική Απόφαση καταργούνται τα Πρότυπα Σχολεία και το σχολείο μας μετονομάζεται σε 3ο Ειδικό Δημοτικό Σχολείο Ηρακλείου. Το 1997 λειτούργησε ως 6/θέσιο και συστεγαζόταν με το 53ο και 54ο Δημοτικό Σχολείο και τα Ειδικά Νηπιαγωγεία. Το 2008 έγινε 8θέσιο και λειτουργικά 9θέσιο.

Το 2016 μεταφέρθηκε σε νεόδμητο κτίριο στην περιοχή Τρεις Βαγιές Ηρακλείου και λειτουργεί με 11πρωινά τμήματα και 7 στο ολοήμερο πρόγραμμα.

Στο σχολείο μας φοιτούν μαθητές ηλικίας 7 έως και 14 ετών ειδικές μαθησιακές δυσκολίες και ανάγκες ( νοητική υστέρηση, αυτισμό, κινητικά προβλήματα και πολυαναπηρίες) .

Το σχολείο λειτουργεί καθημερινά από τις 8:00 έως στις 16:00. Οι μαθητές μεταφέρονται με ευθύνη της Περιφέρειας Κρήτης.

Το σχολείο στελεχώνεται από Ειδικούς Παιδαγωγούς, Ειδικούς Εκπαιδευτικούς ( Πληροφορικούς, Γυμναστές, Μουσικούς, Θεατρολόγους, Εικαστικούς), Ειδικό Εκπαιδευτικό Προσωπικό ( Ψυχολόγοι, Κοινωνικοί Λειτουργοί, Φυσικοθεραπευτές, Εργοθεραπευτές, Λογοθεραπευτές, Νοσηλευτές), και Ειδικό Βοηθητικό Προσωπικό.